La Parroquia de Santo Tomás Apóstol, fue creada por Decreto de 8 de Noviembre de 1973, siendo Obispo de Jaén D. Miguel Peinado, entrando en vigor el 8 de Diciembre, fiesta de la Inmaculada Concepción.
La vida pastoral comienza el 24 de septiembre de 1974, con el nombramiento de D. Juan de Dios Sanjuán Herreros, como primer párroco, en la pequeña Capilla de María Auxiliadora situada en la calle Reyes Católicos, esquina a la carretera Nacional.
El 9 de septiembre de 1.977, D. Manuel Fernández Peña formalizó ante notario, la cesión gratuita de 616 metros cuadrados en el lugar denominado, “Cañada del Yelo”, (hoy calle María Auxiliadora), para la construcción del templo parroquial. El 10 de octubre del 1077, D. Juan de Dios presentó en el Ayuntamiento el proyecto de construcción del templo y dependencias anejas, por un valor de 8.478,236 pts.
El 14 de abril de 1981, es bendecido el templo parroquial, por D. Miguel Peinado, entre la alegría de los fieles y la satisfacción del Párroco que vio coronado el esfuerzo de todos, mediante donativos, rifas, lotería etc.. su costo total ascendió a más de doce millones de pesetas.
Su construcción es sólida, sobria, moderna y airosa, con una torre de las campanas muy original y funcional. Presidiendo el altar mayor un Cristo Crucificado de poliéster de 2,60 metros de altura, obra del catedrático del Instituto de San Juan de la Cruz, don Baltasar Raya Moral, licenciado en Bellas Artes. Al mismo artista se debe el diseño de las modernas vidrieras, si bien estás fueron ejecutadas personalmente por dicho primer párroco D. Juan de Dios Sanjuán.
Como nota curiosa diremos que los primeros sacramentos fueron administrados: Primer Bautismo, el 3 de noviembre de 1974; Primer Matrimonio: 4 Enero 1975; Primer Entierro-Funeral: 10 de enero 1975. El Sr. Obispo D. Miguel, volvió a visitar la Parroquia el 2 de junio de 1975, con motivo de la Visita Pastoral, impartiendo el Sacramento de la Confirmación.
En el año 2000, debido a la jubilación de D. Juan de Dios, tomó posesión como Párroco D. Juan Ignacio Damas López, oriundo de Villacarrillo que acababa de llegar después de una experiencia misionera en Ecuador. Su ímpetu juvenil y sus cualidades artísticas facilitaron remodelar el interior del templo y sus dependencias, hasta su nombramiento como párroco de Bailén. Al día de hoy está de párroco de Cristo Rey de Jaén, ejerciendo a su vez como Vicario de Evangelización en la Diócesis.
El 16 de junio de 2014, fue nombrado para sustituirle D. Juan Raya Marín, también de Villacarrillo que ejerce a su vez como Vicario de Caridad y que con D. Juan Ignacio había compartido varios años de Misión en Ecuador. Es a su vez Rector “in solidum” de la Iglesia de santa María de los Reales Alcázares.
El 5 de septiembre de 2021, tomó posesión como nuevo párroco el ubetense D. Joaquín Rafael Robles Medina, siendo destinado D. Juan a la Parroquia de La Magdalena de Jaén.
